Türklerin gerçek anlamda kılıç zoru ile Müslümanlaştırılmaya başlamaları Kuteybe zamanında olmuştur. Vali olduğu andan itibaren, Türk beyliklerinin toptan işgal edilerek İslamlaştırılması için çok güçlü bir ordu kurmaya başlar. Merv’de askerleri toplayarak, “Allah kendi dininin aziz olması için size bu toprakları helal kıldı” der. Kuteybe ilk olarak Baykent’i kuşatır. Ne kadar silahlı Türk varsa hepsini öldürtür. Kadınları, çocukları esir alır ve şehri baştan aşağı yağmalar. Taberi’nin anlatımlarına göre, Kuteybe’nin aldığı ganimetlerin haddi hesabı yoktur. Taberi, Arapların bütün Horasan’ı işgal ettiklerinde bile bu kadar ganimet toplayamadıklarını söyler.
Şehrin yağmasından sonra, daha önce Horasan’da Merv’e getirilmiş olan Arap aileleri, Merv’den getirilerek Baykent’e yerleştirilir. Muhafız birlikleri oluşturulur. valilikden vergi tahsildarlığına kadar bütün denetim organları Araplardan oluşturulur. Türklerin Budist ve Zerdüşt inançlarını simgeleyen bütün heykeller toplatılır, taş olanlar kırılır, altın olanlar eritilerek ganimet olarak Araplar tarafından alınır. Bunlar, enfal suresinde yazdığı gibi, sanki sadece Araplar için Allah’ın verdiği ganimetlerdir. Daha sonra esir edilen kadın ve çocuklar kocalarına ve babalarına geri satılır. Müslümanlar, Baykentli Türklerin neleri var neleri yoksa almışlar, şehrin onarımı da gene Türklere kalmıştır. Bundan sonra Buhara’nın tamamen işgal edilip Müslümanlaştırılmasına sıra gelir.
Kuteybe, Merv’de büyük bir hazırlık yapar; her bir Türk başı için askerlerine 100 dirhem vaat eder. Para hırsı ile gayrete gelen Araplar, şehri istila ederler. Direnen bütün Türkler kılıçtan geçirilerek tam bir katliam yapılır, Araplar Türk kadınlarına tecavüz ederler, beğendikleri kadınları ya cariye olarak kullanmak ya da köle pazarında satmak üzere alıkoyarlar. Erkeklerden de binlerce kişiyi köle olarak satmak üzere beraberlerinde götürürler.
Araplardan oluşan yeni bir idari kurumlaşma yapılır. Etkili bir kolonizasyon yapmak isteyen Kuteybe bunun için öncelikle yerli halkı İslamlaştırmaya başlar. Buhara halkı önceleri Müslüman olmuş gibi görünseler de bu dini kabul etmek istemezler. Kuteybe Türklerin aslında Müslüman olmadıklarını, evlerinde İslami kuralları tatbik etmediklerini anlar ve yeni bir yöntem geliştirir. Bu yönteme göre Türkler evlerini Araplarla paylaşmak zorunda bırakılırlar ve bu şekilde bire bir kontrol altına alınırlar. İslami kurallara uymayanlar ise ağır cezalara uğratılırlar.
(Bugün, bazı İslami yazarlar bu getirilen tedbirlerin İslam’ın Türkler tarafından kabul edilmesinde çok yarar sağladığını açıkça ifade ederler.) Sürecek
